يقوم المجلس برسم السياسة العامة للمعهد والخطة العامة للبحوث والبعثات وخطط إنشاء المباني والدراسات الاقتصادية وإقرار المحتوي العلمي للمقررات الدراسية وكذلك وضع اللوائح وتنظيم الدروس ومتابعة الميزانية وتوزيع الاعتمادات وتنظيم قيد وتسجيل الطلاب واقتراح منح الدرجات العلمية واقتراح تعيين أعضاء هيئة التدريس والندب من وإلي المعهد ودراسة الموضوعات وأعمال اللجان التي يحيلها عليه عميد المعهد.
يتكون مجلس المعهد من العميد ووكيلي المعهد ورؤساء الأقسام وأستاذ من كل قسم بالتناوب وأقدم أستاذ مساعد بالتناوب وأقدم مدرس بالتناوب بالإضافة إلي 3 أعضاء من الخارج ويقوم عميد المعهد بتنفيذ قرارات مجلس المعهد ويبلغ الجامعة بمحاضر الجلسات والقرارات خلال ثمانية ايام من صدروها.
يشكل مجلس المعهد من بين أعضائه ومن أعضاء هيئة التدريس والمتخصصين لجان فنية لبحث الموضوعات التي تدخل في اختصاصه وهي :
* لجنة الدراسات العليا :
تنظم العمل بالدراسات العليا من حيث طريقة التسجيل للطلاب والقواعد التي تتبع في منح درجتي الماجستير والدكتوراه في العلوم البيئية ويرأسها وكيل المعهد للدراسات العليا والبحوث.
* لجنة شئون الدارسين :
تختص هذه اللجنة بالنظر في حالات الطلاب بالنسبة للأعذار – ومد فترة التسجيل وإسقاط بعض المدد من الفترة المحددة لتسجيل الرسائل العلمية.
* لجنة المختبرات والأجهزة :
تضع البرامج لتدعيم المختبرات والأجهزة العلمية بالمعهد بما يكفل رفع مستوي البحوث والدراسات العلمية.
* لجنة العلاقات الثقافية والبحوث :
تهتم بالبحوث والدراسات والمشاريع البحثية التي تغطي مختلف الدراسات البيئية وذلك بالتعاون مع مراكز البحوث المتعددة سواء بداخل الوطن، أو خارجه للإسهام في خطط التنمية المستدامة للدولة وتقوم بإقتراح سياسة لإيفاد أعضاء هيئة التدريس في مهمات علمية لمتابعة التقدم العلمي في مجال تخصصاتهم، بالإضافة إلي استضافة الأساتذة الأجانب والإعداد والمشاركة في المؤتمرات وتنظيم المنح الداخلية والخارجية لأعضاء هيئة التدريس والهيئة المعاونة.
* لجنة المكتبة :
تشرف علي مكتبة المعهد وتعمل علي تزويدها بالكتب والدوريات لتحسين الخدمة، وكذلك تشرف علي ما يصدر من المعهد من نشرات علمية ومطبوعات، كما تقترح خطة لتشجيع أعضاء هيئة التدريس بالمعهد علي تأليف الكتب والمراجع وتيسير حصول الطلاب عليها.
* لجنة شئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة :
تهتم بشئون الوحدات ذات الطابع الخاص بالمعهد والخدمات التي تؤديها تلك الوحدات للمجتمع، والاهتمام بالبرامج والدورات التدريبية اللازمة لرفع كفاءة أفراد المجتمع في استيعاب الأساليب العلمية والفنية الحديثة، وكذلك الاهتمام بالبحوث التطبيقية اللازمة لحل المشاكل البيئية بالاشتراك مع الجهات والهيئات المختلفة، والإشراف علي تنظيم الدورات والمؤتمرات العلمية ويرأسها وكيل المعهد لشئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة.